В апреле 2001 года авиакомпания "Трансаэро" перебазировалась из Шереметьево в аэропорт Домодедово. Такое решение объяснялось экономией средств и лучшими возможностями обслуживания пассажиров. "Трансаэро" возобновила вылеты из Шереметьево в конце октября 2007 года по трем направлениям: Петербург, Екатеринбург и Тель-Авив. В конце апреля 2010 года Шереметьево и "Трансаэро" подписали пятилетний меморандум о стратегическом сотрудничестве. Но с зимнего сезона 2014/2015 годов компания ушла оттуда, сокращая издержки. 26 октября 2015 года сертификат эксплуатанта "Трансаэро" был аннулирован.

В мае 2002 года авиакомпания "Сибирь" (S7 Airlines) перевела все регулярные рейсы в Москве в аэропорт Домодедово из Внуково.

В марте 2010 года бюджетная авиакомпания "Авианова" перебазировалась из аэропорта Внуково в Шереметьево. 2 января 2012 года сертификат эксплуатанта "Авиановы" был аннулирован.

В мае 2015 года чартерная авиакомпания Royal Flight начала выполнять рейсы из аэропорта Шереметьево, куда она перебазировалась из Домодедово.

В августе 2015 года авиакомпания "Донавиа" (группа "Аэрофлот") сообщила о переводе рейсов в аэропорт Домодедово из Шереметьево. В марте 2016 года компания прекратила свою деятельность, став частью авиакомпании "Россия"....