Первый полет на землю Верхоянского района навсегда вписан в историю авиации. В далеком 1931 году Геологические экспедиции в районе Верхоянья начали свои первые изыскания еще, и вскоре в районе Эге-Хая были открыты запасы стратегического минерала - олово. Отсутствие дорог и транспорта крайне затрудняло добычу и дальнейшее исследование территории. На оленях и лошадях обследовать большую территорию края было невозможно. Добыча олова долгое время велась вручную силами заключенных ГУЛАГа. Отдаленность Верхоянья от столицы республики и отсутствие транспортной связи создавали огромные трудности для жизни и развития края. Налаживание воздушного сообщения было жизненно необходимым.  

В 1945 году был построен небольшой аэропорт в Верхоянске. В 1940-х годах в Верхоянском районе летали самолеты По-2, Як-12 авиации Дальстроя, обеспечивающие в основном хозяйственные перевозки. Но в связи с увеличением грузовых и пассажирских рейсов перед Дальстроем встал вопрос о строительстве нового аэропорта в 2-х километрах от поселка Батагай, там же была открыта и метеостанция. В 1950 году грунтовый аэродром аэропорта Батагай был сдан в эксплуатацию и отечественные самолеты поколения Ан-2 начали выполнять полеты.

В 1997 году на базе Батагайского авиапредприятия создано ГУП АК "Полярные авиалинии", откуда в октябре 2003 года был выделен аэропорт "Батагай", как самостоятельное юридическое лицо. В 2004 году вошел в состав вновь созданного ГУП "Дирекция аэропортов".
    
Сегодня аэропорт Батагай - филиал ФКП "Аэропорты Севера". Авиапредприятие осуществляет прием и отправку пассажиров, багажа, почты, грузов, а также позволяет выполнять авиационные работы - аэрофотосъемку, транспортно-связные полеты, лесопатрулирование. На территории района находятся месторождения олова, золота, серебра, сурьмы, меди и других полезных ископаемых. Через аэропорт Батагай завозится большой объем грузов для северных отдаленных улусов, аэропорт является одним из наиболее перспективных аэропортов Республики Саха (Якутия).